問題描述：

我公司是一家從事互聯網服務的公司，總公司在深圳，在東莞有設立一家分公司。東莞的分公司為非獨立核算，東莞公司員工的五險一金在東莞當地繳納，工資由深圳總公司統一發放，這種情況下，分公司員工的個人所得稅在深圳繳納還是在東莞繳納？

解答回復：

根據《個人所得稅自行納稅申報辦法（試行）》規定：

1、在中國境內有任職、受雇單位的，向任職、受雇單位所在地主管稅務機關申報。

2、從兩處或者兩處以上取得工資、薪金所得的，選擇并固定向其中一處單位所在地主管稅務機關申報。

結語：

您東莞分公司員工的工資由深圳總公司直接發放，因此應該在總公司所在地深圳代扣代繳個人所得稅。